خامنه‌ای و روحانی؛ فراز‌و‌فرود یک رابطه پایان یافته
+2
رأی دهید
-7
جلسه خداحافظی خامنه‌ای با دولت روحانی را نیز می‌توان سردترین جلسات با دولت ها دانست.ایران وایر، احسان مهرابیرد صلاحیت «حسن روحانی» در انتخابات مجلس خبرگان رهبری، نشان از تلاش برای حذف کامل او از صحنه سیاسی ایران دارد. این حذف بدون خواست یا موافقت «علی خامنه‌ای»، رهبر جمهوری اسلامی ممکن نیست و نقطه پایانی است بر روابط کج‌دار‌و‌مریز این دو نفر. روابطی که مانند وضعیت «اکبر هاشمی رفسنجانی» و خامنه‌ای در عین نزدیکی در سال‌های اول انقلاب، در مقاطعی به تنش جدی منجر شد و نهایتا نزدیک به چهل‌وپنجمین سالگرد انقلاب بهمن ۱۳۵۷، به مرحله پایانی خود رسید.
***
حسن روحانی باوجود سوابق گسترده خود در میان مقامات ارشد جمهوری اسلامی، در رده دوم و به‌نوعی زیرمجموعه اکبر هاشمی رفسنجانی رتبه‌بندی شده است. از‌این‌رو بخشی از روابط او با خامنه‌ای نیز، در همین چارچوب است.
در انتخابات سال ۱۳۹۲، خامنه‌ای با نامزدی او موافقت کرد و از سوی دیگر، مجوز رد صلاحیت هاشمی رفسنجانی را داد. در دوره ریاست‌جمهوری اما تنش‌ها بالا گرفت و علاوه‌بر درگیری در جلسات خصوصی، این دو در تریبون‌های رسمی به یکدیگر پاسخ داده و کنایه نثار می‌کردند.
روابط پیش از انقلاب و دوره جنگ
روابط خامنه‌ای با حسن روحانی پیش از انقلاب ۱۳۵۷ چندان روابط نزدیکی نبوده و این دو، چندان با یکدیگر محشور نبوده‌اندروابط خامنه‌ای با حسن روحانی پیش از انقلاب ۱۳۵۷ چندان روابط نزدیکی نبوده و این دو، چندان یکدیگر را دیدار نکرده‌اند. حسن روحانی گفته که یک بار در حین خدمت سربازی و با لباس نظامی به دیدن خامنه‌ای رفته است.
پس از انقلاب ۱۳۵۷، هر دو در مجلس بودند و مدتی بعد خامنه‌ای به‌عنوان رییس‌جمهور انتخاب شد. روحانی در دوره‌هایی در جنگ در برخی حوزه‌ها به‌عنوان جانشین هاشمی نقش ایفا می‌کرد. در این دوره اما حسن روحانی و خامنه‌ای به‌نوعی با سپاه پاسداران ناهماهنگ محسوب می‌شده‌اند.
هاشمی رفسنجانی دلایل تمایل به استعفای رضایی در سال‌های پایانی جنگ را علاوه‌بر درگیری با ارتش، عدم هماهنگی با این دو نفر ذکر کرده است. او نوشته است: «محسن رضایی بعد از جلسه به من گفت می‌خواهد نامه‌ای به امام بنویسد و از مشکلات داخل سپاه و عدم هماهنگی با رییس‌جمهوری و دکتر روحانی و ارتش بگوید و استعفا بدهد.»
در ماجرای مذاکرات مخفیانه با آمریکایی‌ها نیز، حسن روحانی از اعضای مذاکرات بود.
محسن کنگرلو گفته که خامنه‌ای و موسوی نسبت به مذاکرات با مک فارلین، نظر مساعدی نداشته‌اند«محسن کنگرلو»، از افراد امنیتی در دولت «میرحسین موسوی»، گفته که همه مقامات ازجمله خامنه‌ای، در جریان این مذاکرات بودند و در عین حال خامنه‌ای و میرحسین موسوی نخست‌وزیر وقت، نسبت به این مذاکرات نظر مساعدی نداشته‌اند.
در موضوع پایان جنگ، حسن روحانی یکی از پیشگامان بوده است و خامنه‌ای نیز مخالفت جدی از خود نشان نداده است. با این حال در سالیان اخیر، نزدیکان او بارها به هاشمی و روحانی به‌دلیل نقش در پذیرش قطعنامه، تاخته‌اند.
در موضوع پایان جنگ، حسن روحانی یکی از پیشگامان بوده است و خامنه‌ای نیز مخالفت جدی از خود نشان نداده استهاشمی رفسنجانی در خاطرات فروردین۱۳۶۶ خود نوشته که روحانی خواستار پایان جنگ شده و گفته که «حتی منتظر عملیات سرنوشت‌ساز هم نباشیم.» او افزوده است: «آقای روحانی به‌دلیل اینکه نظرش با نگاه امام هماهنگ نیست، ابا دارد نظرش را صریح بگوید.»
اختلاف درباره ادغام ارتش و سپاه
موضوع ادغام سپاه پاسداران و ارتش و دیگر اتفاقات مربوط به نیروهای مسلح، ازجمله اختلافات بین هاشمی و خامنه‌ای پس از جنگ بود. روحانی و «عبدالله نوری»، پیشنهاداتی مطرح کرده بودند که با مخالفت رهبر جمهوری اسلامی منتفی شد.
هاشمی رفسنجانی همچنین نوشته که روحانی از طرح خامنه‌ای درباره اعاده ستاد مشترک ارتش نگران بوده است.
در بازنگری قانون اساسی، شورای عالی امنیت ملی تشکیل شد و هاشمی رفسنجانی، روحانی را مسوول تشکیل دبیرخانه و ساماندهی این شورا کرد. یکی از اتفاقات در ابتدای رهبری خامنه‌ای، حمله اول آمریکا به عراق بود. جریان موسوم به چپ، خواستار ورود به جنگ در حمایت از صدام بود و در مقابل هاشمی رفسنجانی و حسن روحانی، با آن مخالف بودند.
نایب‌رییسی مجلس شورای اسلامی
در مجلس چهارم که به‌نوعی ائتلافی بین جریان موسوم به راست و جریان حامی هاشمی رفسنجانی بود، در عین حال رقابت جدی نیز در جریان بود.
جریان هاشمی رفسنجانی به‌دنبال انتخاب حسن روحانی برای ریاست مجلس بود، اما در نهایت ناطق نوری رییس شد. پس از دوم خرداد نیز حسن روحانی در سمت نایب‌رییسی مجلس، در مواردی با دولت خاتمی نزدیک بود.
هاشمی رفسنجانی در خاطرات خود نوشته است: «آقای ناطق، فکر می‌کند که آقای [حسن] روحانی، جریان امضای نامه [نمایندگان] به‌نفع آقای خاتمی را اداره می‌کند و به پیشنهاد همکاری با ایشان، برای فعال و هماهنگ کردن دو جناح راست و میانه، نظر مساعدی ندارد.»
روحانی در دوره ریاست‌جمهوری خاتمی نقش دوگانه خود را نیز بازی می‌کرد. از طرفی در برخی موارد با دولت خاتمی هماهنگ بود، اما به‌صورت کلی در جریان کلی نزدیک به خامنه‌ای طبقه‌بندی می‌شد.
هاشمی رفسنجانی در خاطرات ۸مهر۱۳۷۶ نوشته است: «دکتر [حسن] روحانی، [دبیر شورای عالی امنیت ملی و رییس مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع] آمد. گزارش مذاکراتش با رهبری را داد؛ من‌جمله تذکر به رهبری در مورد اینکه وضع به‌گونه‌ای شده که جامعه فکر می‌کند ایشان با یک جریان هستند و با کارگزاران مخالف‌اند که ایشان نپذیرفته‌اند. در مورد نحوه عمل در مرکز تحقیقات استراتژیک مذاکره‌کردیم.»
در این میان جریانات نزدیک به خامنه‌ای تلاش کردند که حسن روحانی را نیز در جریان پرونده شهرداری تهران دخیل کنند. هاشمی رفسنجانی نوشت که «محمدرضا نقدی»، فرمانده حفاظت اطلاعات ناجا، «از اینکه نام افراد و اظهارات نادرست بعضی از متهمین شهرداری علیه شخصیت‌های دیگر» ازجمله روحانی را در گزارش‌ها آورده‌اند، «عذرخواهی‌کرد و گفت، آن‌ها برای اینکه شریک جرم برای خودشان پیدا کنند، اسم بزرگان و مسوولان را آورده‌اند و معلوم است که خلاف گفته‌اند.»
در نهایت اما در انتخابات مجلس ششم، حسن روحانی نیز در فهرست جبهه مشارکت و دیگر جریانات موسوم به جبهه دوم خرداد قرار نگرفت و تنها در فهرست کارگزاران وارد شد که پدرخوانده آن‌ها، هاشمی رفسنجانی بود.
یکی از فرازهای مهم درباره نقش حسن روحانی در حمایت از حکومت و خامنه‌ای، سخنرانی او در راهپیمایی حکومتی ۲۳تیر و تهدیدهای علیه معترضان بود.
در عین حال به گفته «مصطفی تاج‌زاده»، معاون سیاسی وقت وزارت کشور ایران، نهادهای زیر‌نظر خامنه‌ای از گزارش این شورا درباره حمله به کوی دانشگاه تهران راضی نبودند و برای آن «ذره‌ای ارزش قائل نمی‌شوند و انگار‌نه‌انگار که آن گزارش با حضور نمایندگان همه نهادها تهیه و تصویب شد.»
در دولت خاتمی نیز حسن روحانی دبیر شورای عالی امنیت ملی باقی ماند و پرونده اتمی نام او را در فضای عمومی مطرح کرد. روحانی در خاطرات خود گفته که ابتدا رییس‌جمهور و سپس رهبر از او خواستند که مسوول مذاکرات شود و خامنه‌ای از او خواسته «باری از روی دوش نظام بردارد.»
خامنه‌ای در آن دوران نیز باوجود اینکه در جریان همه مذاکرات بود، علیه مذاکره‌کنندگان سخن می‌گفت. با این حال، پیکان حملات بیشتر به سمت دولت بود، نه روحانی.
خامنه‌ای باوجود اینکه در جریان همه مذاکرات سعدآباد بود، علیه مذاکره‌کنندگان سخن می‌گفتخامنه‌ای خود نیز در دیداری که سال ۱۳۸۶ با دانشجویان دانشگاه یزد داشت، گریزی به مذاکرات هسته‌ای در دوران اصلاحات زده و گفته بود: «من همان وقت در جلسه مسوولین گفتم اگر چنانچه بخواهند به این روند مطالبه پی‌درپی ادامه بدهند، من خودم وارد میدان می‌شوم. همین کار را هم کردم. بنده گفتم که این روند عقب‌نشینی باید متوقف و تبدیل شود به روند پیش‌روی و اولین قدمش هم باید در آن دولتی انجام بگیرد که این عقب‌نشینی در آن دولت انجام گرفت و همین کار هم شد.»
رهبر جمهوری اسلامی همچنین به‌نوعی، از حملات به مذاکرات سعدآباد حمایت می‌کرد. در این میان «محمود احمدی‌نژاد»، توافق‌نامه سعدآباد را «ننگین» توصیف کرده بود. حسن روحانی در پاسخ گفته بود «متاسفانه اغلب اظهارات انتقادی در مورد دیپلماسی هسته‌ای نظام در سال‌های ۱۳۸۲ تا ۱۳۸۴ که این روزها و به‌بهانه رقابت‌های انتخابات ریاست‌جمهوری بیشتر مطرح می‌شود، نادرست، غیرمنصفانه و در مواردی هم کذب محض است.»
برجام و آغاز کنایه‌ها و عمیق شدن شکاف
بر‌اساس روایت‌ها، در سال ۱۳۹۲ خامنه‌ای با نامزدی هاشمی رفسنجانی مخالفت نکرده و در عین حال به او گفته که هاشمی رفسنجانی نامزد نخواهد شد. روابط خامنه‌ای با دولت حسن روحانی، تقریبا شبیه به روابط او با دولت محمد خاتمی بود.
یکی از اولین تابوشکنی‌های روحانی، گفت‌و‌گو تلفنی با «باراک اوباما» بود که خامنه‌ای به‌دلیل ماحصل روابط با دولت، واکنش شدیدی به آن نشان نداد؛ اما به هر حال به‌صورت عمومی از آن انتقاد کرد: «ما از تحرک دیپلماسی دولت حمایت می‌کنیم و به تلاش دیپلماسی اهمیت می‌دهیم، البته برخی [اتفاقات] که در سفر نیویورک پیش آمد، به‌نظر ما به‌جا نبود.»
مهم‌ترین درگیری اما درباره موضوع برجام بود که در قالب‌های مختلفی ادامه یافت. خامنه‌ای باوجود اینکه توافق برجام را خود تایید کرده بود، آن را «خسارت محض» خواند و بابت این توافق، بارها به روحانی و دولتش حمله کرد. آغاز کنایه‌های روحانی و خامنه‌ای نیز درباره موضوع برجام بود. یکی از این مشهورترین سخنرانی‌ها، مربوط به انداختن قطعنامه‌ها در منقل است که نزدیکان خامنه‌ای آن را «ادبیات منقلی» خواندند.
روحانی گفته بود: «برخی ابعاد برجام را درک نکردند. این قطعنامه‌ها را به دست همان‌هایی که قطعنامه‌ها تصویب شده بود، لغو کردیم. البته برخی فکر می‌کردند منقلی هست و می‌توانند قعطنامه‌ها را در آتش بیندازند.»
نزدیکان خامنه‌ای این سخنان را توهین به او خوانده و اعلام کردند که منظور روحانی کنایه به این سخنان رهبر جمهوری اسلامی بوده که اگر ترامپ برجام را پاره کند، ما آن را آتش می‌زنیم.
روند این کنایه‌ها در دوره دوم انتخابات ریاست‌جمهوری روحانی به اوج خود رسید. روحانی ازجمله گفت که «درباره سند۲۰۳ به رهبری اطلاعات غلط دادند»؛ موضوعی که تکذیب خامنه‌ای را به‌دنبال داشت.
در ادامه این روند، خامنه‌ای نیز در جمع مقامات کشور و در حضور خود روحانی کنایه‌هایی را نثار او می‌کرد.
خامنه‌ای از سخنان روحانی در جریان مناظره‌های انتخابات ریاست‌جمهوری انتقاد کرده بودجلسات تلخ در دور دوم ریاست‌جمهوری
از همان روزهای اول دوره دوم ریاست‌جمهوری روحانی، تنش‌های او با خامنه‌ای آشکار شد و خبر نشست این دو، درز کرد. بر‌اساس روایت‌ها، خامنه‌ای از سخنان روحانی در جریان مناظره‌ها انتقاد کرده بود و روحانی گفته بود که گویا «شما از انتخاب من راضی نیستید.»
در دور دوم، حملات نهادهای زیر‌نظر خامنه‌ای شدت گرفت و در این میان، پرونده «حسین فریدون»، برادر او به‌صورت جدی پیگیری شد. جلسه خداحافظی خامنه‌ای با دولت روحانی را نیز می‌توان سردترین جلسات با دولت‌ها دانست.
خامنه‌ای در آخرین دیدار خود با اعضای دولت حسن روحانی، از «اعتماد» دولت او به کشورهای غربی انتقاد کرد و گفت دولت آینده باید از این «تجربه» استفاده کند.
رهبر جمهوری اسلامی با رییس‌جمهوری و اعضای دولت عکس یادگاری نگرفت و طبق روال همیشگی، قرآن به اعضای هیات دولت نداد. کوتاه بودن مدت‌زمان سخنان خامنه‌ای (۱۷ دقیقه) را هم به دلخوری او نسبت داده شد.
«علیرضا معزی»، معاون ارتباطات دفتر رییس‌جمهور وقت، دلیل این اتفاقات را موضوع کرونا ذکر کرد و گفت که همه جلسات رسمی چه از لحاظ سقف زمانی و چه از لحاظ فواصل فیزیکی، تابع قواعد مشخصی است و نمی‌توان انتظار داشت این دیدارها آنچنان که در گذشته مرسوم بوده، انجام شود.
علیرضا معزی، معاون ارتباطات دفتر رییس‌جمهوری، دلیل متفاوت بودن دیدار پایانی خامنه‌ای با دولت را، کرونا ذکر کردپس از پایان دولت نیز، نزدیکان خامنه‌ای بارها خواستار محاکمه روحانی شدند. در آذر۱۴۰۰، خبرهایی درباره دیدار روحانی و خامنه‌ای منتشر شد و از قول «مهدی فضائلی»، عضو دفتر نشر آثار رهبری گفته شد که «این دیدار به درخواست آقای روحانی و با پیگیری‌های مکرر ایشان انجام شد که البته جنبه کاری هم نداشت… و در مجموع می‌توان گفت دیداری معمولی بوده است.»
رد صلاحیت حسن روحانی از نگاه نزدیکان خامنه‌ای، به معنای پایان دادن به حیات سیاسی او است.
ازنظر نزدیکان خامنه‌ای، روحانی قدرت جریان‌سازی در خبرگان را دارد«جواد کریمی قدوسی»، نماینده اصولگرای مجلس و نزدیک به سازمان اطلاعات سپاه پاسداران، گفته که «کسی که استعداد و اراده سقیفه‌سازی را داشت، توسط شورای محترم نگهبان رد صلاحیت شد.» منظور از سقیفه، اشاره به واقعه‌ای در صدر اسلام است که طی آن، عده‌ای از یاران پیامبر اسلام پس از درگذشت او، در پی تعیین جانشینش بودند.
این سخنان را می‌توان به این حساب گذاشت که روحانی در مجلس خبرگان رهبری همچنان استعداد جریان‌سازی و فعال بودن در موضوع جانشینی را داشته و نباید درباره تایید صلاحیت او، خطر شود.
***
حسن روحانی باوجود سوابق گسترده خود در میان مقامات ارشد جمهوری اسلامی، در رده دوم و به‌نوعی زیرمجموعه اکبر هاشمی رفسنجانی رتبه‌بندی شده است. از‌این‌رو بخشی از روابط او با خامنه‌ای نیز، در همین چارچوب است.
در انتخابات سال ۱۳۹۲، خامنه‌ای با نامزدی او موافقت کرد و از سوی دیگر، مجوز رد صلاحیت هاشمی رفسنجانی را داد. در دوره ریاست‌جمهوری اما تنش‌ها بالا گرفت و علاوه‌بر درگیری در جلسات خصوصی، این دو در تریبون‌های رسمی به یکدیگر پاسخ داده و کنایه نثار می‌کردند.
روابط پیش از انقلاب و دوره جنگ
روابط خامنه‌ای با حسن روحانی پیش از انقلاب ۱۳۵۷ چندان روابط نزدیکی نبوده و این دو، چندان با یکدیگر محشور نبوده‌اندروابط خامنه‌ای با حسن روحانی پیش از انقلاب ۱۳۵۷ چندان روابط نزدیکی نبوده و این دو، چندان یکدیگر را دیدار نکرده‌اند. حسن روحانی گفته که یک بار در حین خدمت سربازی و با لباس نظامی به دیدن خامنه‌ای رفته است.پس از انقلاب ۱۳۵۷، هر دو در مجلس بودند و مدتی بعد خامنه‌ای به‌عنوان رییس‌جمهور انتخاب شد. روحانی در دوره‌هایی در جنگ در برخی حوزه‌ها به‌عنوان جانشین هاشمی نقش ایفا می‌کرد. در این دوره اما حسن روحانی و خامنه‌ای به‌نوعی با سپاه پاسداران ناهماهنگ محسوب می‌شده‌اند.
هاشمی رفسنجانی دلایل تمایل به استعفای رضایی در سال‌های پایانی جنگ را علاوه‌بر درگیری با ارتش، عدم هماهنگی با این دو نفر ذکر کرده است. او نوشته است: «محسن رضایی بعد از جلسه به من گفت می‌خواهد نامه‌ای به امام بنویسد و از مشکلات داخل سپاه و عدم هماهنگی با رییس‌جمهوری و دکتر روحانی و ارتش بگوید و استعفا بدهد.»
در ماجرای مذاکرات مخفیانه با آمریکایی‌ها نیز، حسن روحانی از اعضای مذاکرات بود.
محسن کنگرلو گفته که خامنه‌ای و موسوی نسبت به مذاکرات با مک فارلین، نظر مساعدی نداشته‌اند«محسن کنگرلو»، از افراد امنیتی در دولت «میرحسین موسوی»، گفته که همه مقامات ازجمله خامنه‌ای، در جریان این مذاکرات بودند و در عین حال خامنه‌ای و میرحسین موسوی نخست‌وزیر وقت، نسبت به این مذاکرات نظر مساعدی نداشته‌اند.در موضوع پایان جنگ، حسن روحانی یکی از پیشگامان بوده است و خامنه‌ای نیز مخالفت جدی از خود نشان نداده است. با این حال در سالیان اخیر، نزدیکان او بارها به هاشمی و روحانی به‌دلیل نقش در پذیرش قطعنامه، تاخته‌اند.
در موضوع پایان جنگ، حسن روحانی یکی از پیشگامان بوده است و خامنه‌ای نیز مخالفت جدی از خود نشان نداده استهاشمی رفسنجانی در خاطرات فروردین۱۳۶۶ خود نوشته که روحانی خواستار پایان جنگ شده و گفته که «حتی منتظر عملیات سرنوشت‌ساز هم نباشیم.» او افزوده است: «آقای روحانی به‌دلیل اینکه نظرش با نگاه امام هماهنگ نیست، ابا دارد نظرش را صریح بگوید.»اختلاف درباره ادغام ارتش و سپاه
موضوع ادغام سپاه پاسداران و ارتش و دیگر اتفاقات مربوط به نیروهای مسلح، ازجمله اختلافات بین هاشمی و خامنه‌ای پس از جنگ بود. روحانی و «عبدالله نوری»، پیشنهاداتی مطرح کرده بودند که با مخالفت رهبر جمهوری اسلامی منتفی شد.
هاشمی رفسنجانی همچنین نوشته که روحانی از طرح خامنه‌ای درباره اعاده ستاد مشترک ارتش نگران بوده است.
در بازنگری قانون اساسی، شورای عالی امنیت ملی تشکیل شد و هاشمی رفسنجانی، روحانی را مسوول تشکیل دبیرخانه و ساماندهی این شورا کرد. یکی از اتفاقات در ابتدای رهبری خامنه‌ای، حمله اول آمریکا به عراق بود. جریان موسوم به چپ، خواستار ورود به جنگ در حمایت از صدام بود و در مقابل هاشمی رفسنجانی و حسن روحانی، با آن مخالف بودند.
نایب‌رییسی مجلس شورای اسلامی
در مجلس چهارم که به‌نوعی ائتلافی بین جریان موسوم به راست و جریان حامی هاشمی رفسنجانی بود، در عین حال رقابت جدی نیز در جریان بود.
جریان هاشمی رفسنجانی به‌دنبال انتخاب حسن روحانی برای ریاست مجلس بود، اما در نهایت ناطق نوری رییس شد. پس از دوم خرداد نیز حسن روحانی در سمت نایب‌رییسی مجلس، در مواردی با دولت خاتمی نزدیک بود.
هاشمی رفسنجانی در خاطرات خود نوشته است: «آقای ناطق، فکر می‌کند که آقای [حسن] روحانی، جریان امضای نامه [نمایندگان] به‌نفع آقای خاتمی را اداره می‌کند و به پیشنهاد همکاری با ایشان، برای فعال و هماهنگ کردن دو جناح راست و میانه، نظر مساعدی ندارد.»
روحانی در دوره ریاست‌جمهوری خاتمی نقش دوگانه خود را نیز بازی می‌کرد. از طرفی در برخی موارد با دولت خاتمی هماهنگ بود، اما به‌صورت کلی در جریان کلی نزدیک به خامنه‌ای طبقه‌بندی می‌شد.
هاشمی رفسنجانی در خاطرات ۸مهر۱۳۷۶ نوشته است: «دکتر [حسن] روحانی، [دبیر شورای عالی امنیت ملی و رییس مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع] آمد. گزارش مذاکراتش با رهبری را داد؛ من‌جمله تذکر به رهبری در مورد اینکه وضع به‌گونه‌ای شده که جامعه فکر می‌کند ایشان با یک جریان هستند و با کارگزاران مخالف‌اند که ایشان نپذیرفته‌اند. در مورد نحوه عمل در مرکز تحقیقات استراتژیک مذاکره‌کردیم.»
در این میان جریانات نزدیک به خامنه‌ای تلاش کردند که حسن روحانی را نیز در جریان پرونده شهرداری تهران دخیل کنند. هاشمی رفسنجانی نوشت که «محمدرضا نقدی»، فرمانده حفاظت اطلاعات ناجا، «از اینکه نام افراد و اظهارات نادرست بعضی از متهمین شهرداری علیه شخصیت‌های دیگر» ازجمله روحانی را در گزارش‌ها آورده‌اند، «عذرخواهی‌کرد و گفت، آن‌ها برای اینکه شریک جرم برای خودشان پیدا کنند، اسم بزرگان و مسوولان را آورده‌اند و معلوم است که خلاف گفته‌اند.»
در نهایت اما در انتخابات مجلس ششم، حسن روحانی نیز در فهرست جبهه مشارکت و دیگر جریانات موسوم به جبهه دوم خرداد قرار نگرفت و تنها در فهرست کارگزاران وارد شد که پدرخوانده آن‌ها، هاشمی رفسنجانی بود.
یکی از فرازهای مهم درباره نقش حسن روحانی در حمایت از حکومت و خامنه‌ای، سخنرانی او در راهپیمایی حکومتی ۲۳تیر و تهدیدهای علیه معترضان بود.
در عین حال به گفته «مصطفی تاج‌زاده»، معاون سیاسی وقت وزارت کشور ایران، نهادهای زیر‌نظر خامنه‌ای از گزارش این شورا درباره حمله به کوی دانشگاه تهران راضی نبودند و برای آن «ذره‌ای ارزش قائل نمی‌شوند و انگار‌نه‌انگار که آن گزارش با حضور نمایندگان همه نهادها تهیه و تصویب شد.»
در دولت خاتمی نیز حسن روحانی دبیر شورای عالی امنیت ملی باقی ماند و پرونده اتمی نام او را در فضای عمومی مطرح کرد. روحانی در خاطرات خود گفته که ابتدا رییس‌جمهور و سپس رهبر از او خواستند که مسوول مذاکرات شود و خامنه‌ای از او خواسته «باری از روی دوش نظام بردارد.»
خامنه‌ای در آن دوران نیز باوجود اینکه در جریان همه مذاکرات بود، علیه مذاکره‌کنندگان سخن می‌گفت. با این حال، پیکان حملات بیشتر به سمت دولت بود، نه روحانی.
خامنه‌ای باوجود اینکه در جریان همه مذاکرات سعدآباد بود، علیه مذاکره‌کنندگان سخن می‌گفتخامنه‌ای خود نیز در دیداری که سال ۱۳۸۶ با دانشجویان دانشگاه یزد داشت، گریزی به مذاکرات هسته‌ای در دوران اصلاحات زده و گفته بود: «من همان وقت در جلسه مسوولین گفتم اگر چنانچه بخواهند به این روند مطالبه پی‌درپی ادامه بدهند، من خودم وارد میدان می‌شوم. همین کار را هم کردم. بنده گفتم که این روند عقب‌نشینی باید متوقف و تبدیل شود به روند پیش‌روی و اولین قدمش هم باید در آن دولتی انجام بگیرد که این عقب‌نشینی در آن دولت انجام گرفت و همین کار هم شد.»رهبر جمهوری اسلامی همچنین به‌نوعی، از حملات به مذاکرات سعدآباد حمایت می‌کرد. در این میان «محمود احمدی‌نژاد»، توافق‌نامه سعدآباد را «ننگین» توصیف کرده بود. حسن روحانی در پاسخ گفته بود «متاسفانه اغلب اظهارات انتقادی در مورد دیپلماسی هسته‌ای نظام در سال‌های ۱۳۸۲ تا ۱۳۸۴ که این روزها و به‌بهانه رقابت‌های انتخابات ریاست‌جمهوری بیشتر مطرح می‌شود، نادرست، غیرمنصفانه و در مواردی هم کذب محض است.»
برجام و آغاز کنایه‌ها و عمیق شدن شکاف
بر‌اساس روایت‌ها، در سال ۱۳۹۲ خامنه‌ای با نامزدی هاشمی رفسنجانی مخالفت نکرده و در عین حال به او گفته که هاشمی رفسنجانی نامزد نخواهد شد. روابط خامنه‌ای با دولت حسن روحانی، تقریبا شبیه به روابط او با دولت محمد خاتمی بود.
یکی از اولین تابوشکنی‌های روحانی، گفت‌و‌گو تلفنی با «باراک اوباما» بود که خامنه‌ای به‌دلیل ماحصل روابط با دولت، واکنش شدیدی به آن نشان نداد؛ اما به هر حال به‌صورت عمومی از آن انتقاد کرد: «ما از تحرک دیپلماسی دولت حمایت می‌کنیم و به تلاش دیپلماسی اهمیت می‌دهیم، البته برخی [اتفاقات] که در سفر نیویورک پیش آمد، به‌نظر ما به‌جا نبود.»
مهم‌ترین درگیری اما درباره موضوع برجام بود که در قالب‌های مختلفی ادامه یافت. خامنه‌ای باوجود اینکه توافق برجام را خود تایید کرده بود، آن را «خسارت محض» خواند و بابت این توافق، بارها به روحانی و دولتش حمله کرد. آغاز کنایه‌های روحانی و خامنه‌ای نیز درباره موضوع برجام بود. یکی از این مشهورترین سخنرانی‌ها، مربوط به انداختن قطعنامه‌ها در منقل است که نزدیکان خامنه‌ای آن را «ادبیات منقلی» خواندند.
روحانی گفته بود: «برخی ابعاد برجام را درک نکردند. این قطعنامه‌ها را به دست همان‌هایی که قطعنامه‌ها تصویب شده بود، لغو کردیم. البته برخی فکر می‌کردند منقلی هست و می‌توانند قعطنامه‌ها را در آتش بیندازند.»
نزدیکان خامنه‌ای این سخنان را توهین به او خوانده و اعلام کردند که منظور روحانی کنایه به این سخنان رهبر جمهوری اسلامی بوده که اگر ترامپ برجام را پاره کند، ما آن را آتش می‌زنیم.
روند این کنایه‌ها در دوره دوم انتخابات ریاست‌جمهوری روحانی به اوج خود رسید. روحانی ازجمله گفت که «درباره سند۲۰۳ به رهبری اطلاعات غلط دادند»؛ موضوعی که تکذیب خامنه‌ای را به‌دنبال داشت.
در ادامه این روند، خامنه‌ای نیز در جمع مقامات کشور و در حضور خود روحانی کنایه‌هایی را نثار او می‌کرد.
خامنه‌ای از سخنان روحانی در جریان مناظره‌های انتخابات ریاست‌جمهوری انتقاد کرده بودجلسات تلخ در دور دوم ریاستجمهوریاز همان روزهای اول دوره دوم ریاست‌جمهوری روحانی، تنش‌های او با خامنه‌ای آشکار شد و خبر نشست این دو، درز کرد. بر‌اساس روایت‌ها، خامنه‌ای از سخنان روحانی در جریان مناظره‌ها انتقاد کرده بود و روحانی گفته بود که گویا «شما از انتخاب من راضی نیستید.»
در دور دوم، حملات نهادهای زیر‌نظر خامنه‌ای شدت گرفت و در این میان، پرونده «حسین فریدون»، برادر او به‌صورت جدی پیگیری شد. جلسه خداحافظی خامنه‌ای با دولت روحانی را نیز می‌توان سردترین جلسات با دولت‌ها دانست.
خامنه‌ای در آخرین دیدار خود با اعضای دولت حسن روحانی، از «اعتماد» دولت او به کشورهای غربی انتقاد کرد و گفت دولت آینده باید از این «تجربه» استفاده کند.
رهبر جمهوری اسلامی با رییس‌جمهوری و اعضای دولت عکس یادگاری نگرفت و طبق روال همیشگی، قرآن به اعضای هیات دولت نداد. کوتاه بودن مدت‌زمان سخنان خامنه‌ای (۱۷ دقیقه) را هم به دلخوری او نسبت داده شد.
«علیرضا معزی»، معاون ارتباطات دفتر رییس‌جمهور وقت، دلیل این اتفاقات را موضوع کرونا ذکر کرد و گفت که همه جلسات رسمی چه از لحاظ سقف زمانی و چه از لحاظ فواصل فیزیکی، تابع قواعد مشخصی است و نمی‌توان انتظار داشت این دیدارها آنچنان که در گذشته مرسوم بوده، انجام شود.
علیرضا معزی، معاون ارتباطات دفتر رییس‌جمهوری، دلیل متفاوت بودن دیدار پایانی خامنه‌ای با دولت را، کرونا ذکر کردپس از پایان دولت نیز، نزدیکان خامنه‌ای بارها خواستار محاکمه روحانی شدند. در آذر۱۴۰۰، خبرهایی درباره دیدار روحانی و خامنه‌ای منتشر شد و از قول «مهدی فضائلی»، عضو دفتر نشر آثار رهبری گفته شد که «این دیدار به درخواست آقای روحانی و با پیگیری‌های مکرر ایشان انجام شد که البته جنبه کاری هم نداشت… و در مجموع می‌توان گفت دیداری معمولی بوده است.»رد صلاحیت حسن روحانی از نگاه نزدیکان خامنه‌ای، به معنای پایان دادن به حیات سیاسی او است.
ازنظر نزدیکان خامنه‌ای، روحانی قدرت جریان‌سازی در خبرگان را دارد«جواد کریمی قدوسی»، نماینده اصولگرای مجلس و نزدیک به سازمان اطلاعات سپاه پاسداران، گفته که «کسی که استعداد و اراده سقیفه‌سازی را داشت، توسط شورای محترم نگهبان رد صلاحیت شد.» منظور از سقیفه، اشاره به واقعه‌ای در صدر اسلام است که طی آن، عده‌ای از یاران پیامبر اسلام پس از درگذشت او، در پی تعیین جانشینش بودند.این سخنان را می‌توان به این حساب گذاشت که روحانی در مجلس خبرگان رهبری همچنان استعداد جریان‌سازی و فعال بودن در موضوع جانشینی را داشته و نباید درباره تایید صلاحیت او، خطر شود.