افزایش جمعیت افغانها در ایران، نگرانیهایی را در مردم ایجاد کرده. تعلل در ساماندهی مهاجرین باعث شده برخی جمهوری اسلامی را متهم کنند که در پی افزایش جمعیت از این طریق است. به گفته معاون قرارگاه پدافند زیستی، جمعیت مهاجران افغان در ایران به ۹ میلیون نفر رسیده.