او سمتهایی چون دادستان دادگاه ویژه روحانیت، وزیر اطلاعات در دولت نهم و دادستان کل کشور را در اختیار داشته و نیز از اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام است. در ۱۳۸۹، وزارت خزانهداری ایالات متحده آمریکا او را به دلیل نقض جدی حقوق بشر و سرکوب، دستگیری و شکنجه مخالفان و معترضان بعد از انتخابات ۱۳۸۸ تحریم کرد.
اژهای در مدرسه حقانی—که پس از انقلاب ۱۳۵۷ شمار زیادی از دانشجویانش به سمتهای قضایی و امنیتی رسیدند—تحصیل کرد و در سال ۱۳۵۱ طلبه شد. او در کمیته و جهاد سازندگی اصفهان مشغول به کار شد و علی قدوسی، دادستان کل انقلاب اسلامی، او را به قوه قضائیه جمهوری اسلامی ایران دعوت کرد. او در سال ۱۳۶۲ با تأسیس وزارت اطلاعات بازجویی پروندههای مهمی مانند انفجار در دفتر نخستوزیری را بر عهده داشت.
بازجویی از سید مهدی هاشمی، برادر داماد حسینعلی منتظری، نقطه عطفی برایش بود. این پرونده باعث حذف منتظری از سمت قائم مقام و رهبری آینده او شد.[۵] او در قتلهای زنجیرهای ایران در دهه ۱۳۷۰ نیز نقش داشت که به گفته قربانعلی دری نجفآبادی، اژهای دستور قتل نویسنده پیروز دوانی را صادر کردهاست. او بعداً این اتهام را تکذیب کرد.
اژهای در سال ۱۳۸۴ وزیر اطلاعات شد اما در سال ۱۳۸۸ پس از برکنار نشدن اسفندیار رحیم مشایی از سمت معاون اول رئیسجمهور، او به دستور خامنهای از سمت خود عزل شد. او در اعدام دستهجمعی زندانیان عقیدتی سیاسی در ۱۳۶۷ و سرکوب معترضان پیامدهای انتخابات ریاستجمهوری دهم ایران نقش داشتهاست.
او از اعضای هیئت رسیدگی به شکنجه معترضان به نتیجه انتخابات ریاستجمهوری ۱۳۸۸ ایران نیز بودهاست. به گفته احسان مهرابی از بیبیسی فارسی نام اژهای در طول چهار دهه فعالیت «همواره با پروندههای مهم و حساس در ردههای بالای امنیتی گره خورده و او همچنان این جایگاه را حفظ کردهاست.»
قتلهای زنجیرهایاکبر گنجی پس از نوشتن کتابهای «تاریکخانه اشباح» و «عالیجناب سرخپوش و عالیجنابان خاکستری» از وی به عنوان یکی از افراد دخیل در قتل پیروز دوانی و قتلهای زنجیرهای یاد کرد.