از چپ رئیسی، لاجوردی و جولایی در سال ۱۳۶۸در این دوره خسرو تهرانی مسئول سابق اطلاعات نخست وزیری دستگیر شد و مورد شکنجه قرار گرفت. در تاریخ ۱۹ فروردین ۱۳۶۵، جسد تقی محمدی، یکی از دستگیرشدگان، در زندان پیدا شد. بازجوی اصلی این پرونده محسنی اژهای بود که مدعی شد وی در اثر خودکشی در زندان درگذشته و سپس تلویحاً جناح رقیب را به قتل او در اوین متهم کرد!
عاقبت خمینی که شخصاً پرونده را دنبال میکرد ابراهیم رئیسی مسئول پرونده، محمد موسوی خوئینیها دادستان کل کشور و عبدالکریم موسوی اردبیلی رئیس دیوانعالی کشور را احضار کرد و پس از شنیدن ادعاهای آنها دستور مختومه شدن پرونده را داد. خمینی با نام بردن از بهزاد نبوی و خسرو قنبری تهرانی به حمایت از آنها برخاست و تأکید کرد: «من از همان اول میدانستم که یک دستی در کار است که میخواهد این افراد را بدنام کند و کنار بزند. النهایه فکر کردم آقایان به قضیه میرسند و خاتمه میدهند ولیکن الان احساس میکنم که باز قضایا به جاهای دیگر کشیده میشود.»