این سازمان هفت قرارگاه سایبری، زیستی، اقتصادی، کالبدی، شیمیایی، پرتویی و مردم محور دارد. پدافند غیرعامل همچنین هفت معاونت امور شهری و تهران ، توسعه فرهنگ و اطلاع رسانی، بسیج و امور استانها، امور زیربنایی، فناوری اطلاعات و ارتباطات، آموزش و پژوهش، و فنی و نظامات دارد.
در دولت محمود احمدی نژاد مدتی دبیرخانه پدافند غیر عامل زیر نظر دولت بود اما در سال ۱۳۹۰ بار دیگر این دبیرخانه به ستاد کل نیروهای مسلح بازگشت.
سازمان پدافند غیر عامل به جز بودجه خود از بخشی از بودجه نهادهای دولتی نیز استفاده میکند.
غلامعلی حیدری، معاون بسیج و امور استان های سازمان پدافند غیرعامل، در سال ۱۳۹۶ اعلام کرده بود که یک درصد بودجه عمرانی دستگاههای اجرایی به پدافند غیرعامل اختصاص پیدا کرد.
ابوالحسن فیروزآبادی دبیر شورای عالی فضای مجازی نیز گفته بود که در بودجه سال ۱۳۹۹ حدود ۱۵ درصد بودجه فناوری اطلاعات و ارتباطات سازمانها باید به موضوع پدافند غیرعامل و امنیت اختصاص پیدا میکند.
غلامرضا جلالی رئیس سازمان پدافند غیرعامل ایرانضعف پدافند غیر عامل در موضوعات سایبری جنگ سایبری یکی از اهداف سازمان پدافند غیر عامل اعلام شده است. در این میان اما این نهاد نتوانسته از حملات سایبری جلوگیری کند. از جمله مهمترین این حملات ویروس استاکس نت و حمله به سایت های وزارت نفت و چند سازمان دولتی در سال ۱۳۹۱ بود. با این حال غلامرضا جلالی گفته بود که ایران در سال ۱۳۹۰ و به عنوان «اولین کشور» پدافند سایبری را ابداع کرده است.
در سال ۱۳۹۹ نیز بیش از ۱۰ حادثه در مراکز صنعتی بزرگ ایران رخ داده است. رییس سازمان پدافند غیرعامل گفته که دلیل این حوادث «امنیتی نیست» اما حادثه نطنز «مجزا از دیگر حوادث است».
اظهارات جنجالی رییس سازمان پدافند غیر عامل رییس سازمان پدافند غیر عامل ایران بیشتر به سخنان جنجالی خود مشهور است تا اقدامات این نهاد. از جمله جدیدترین سخنان او متهم کردن آمریکا به نقش داشتن در «تولید کرونا» است. موضوعی که در سخنان رهبر جمهوری اسلامی نیز مطرح شد.
او سال ۱۳۹۷ گفته بود که برخی کشورها از ایران «ابر دزدی و برف دزدی» میکنند و «تیمهای مشترکی از اسرائیل و یکی از کشورهای همسایه، ابرهای در حال ورود به ایران را غیربارور میکنند». جلالی همچنین چندین بار تغییرات اقلیمی در ایران را مشکوک خوانده است.
رییس سازمان پدافند غیرعامل همچنین خواهان به آتش کشیدن دلار در خیابانها شده بود. مخالفت با محصولات تراریخته یکی از اقدامات این سازمان بوده و جلالی گفته بود که برنج تراریخته «قابلیت کاهش زاد و ولد» دارد و از هر «۲۰ مورد حاملگی ۱۸ مورد را ریجکت(رد) میکند».