انتقاد خاتمی از تحمیل فضای پادگانی به دانشگاهها
رئیسجمهوری پیشین ایران در جمع اعضای انجمن اسلامی دانشگاه تهران و دانشگاه علوم پزشکی تهران به ارزیابی وضعیت دانشگاهها پرداخت. محمد خاتمی شرایط دانشگاهها را خوب نمیداند و از "اعمال شیوههای پلیسی" انتقاد میکند.
به اعتقاد خاتمی، «امروزه وضع خوبی در دانشگاهها حاکم نیست. اعمال شیوههای پلیسی، تحمیل فضای پادگانی بر دانشگاه، تحقیر استاد و دانشجو، به کارگیری روشهای خاص برای امتیازدادن بیجا یا محدودیت ایجادکردنها برای تحصیلات نسل ما به خصوص تحصیلات تکمیلی٬ اینها مسائلی است که با هیچکدام از معیارهای انقلاب ما و معیارهای مصلحت مملکت ما سازگار نیست.»
خاتمی نتیجه چنین روندی را «سیل مهاجرت» دانست و افزود: «فردی هم که نتواند مهاجرت کند دلزده و مایوس میشود یا به سمتی گرایش پیدا میکند که نتیجه خطرناکی به همراه دارد».
خاتمی شرایط دانشگاهها در "حدود ۱۰ - ۱۲ سال پیش" را بهتر از فضای کنونی توصیف کرد و میزان مهاجرتها را کمتر از "سیل مهاجرتی امروزه" ارزیابی کرد.
تأکید بر پایبندی به قانون اساسی
محمد خاتمی برداشت حکومت جمهوری اسلامی از "اسلام" و "انقلاب" را هم درست نمیداند: «در این زمان که ما میبینیم کسانی منادی اسلامی میشوند که برای رای مردم هیچ ارزشی قائل نیستند٬ کسانی هستند که حکومتی را که باید خدمتگزار مردم و مسئول در برابر آنان باشد، قیم و ارباب مردم میدانند و مردم را در برابر آن صاحب هیچ حقی نمیدانند. مدعی اسلامی شدهاند که آمده تا آزادی را از بین ببرد و توانایی مبارزه با فساد را ندارد و زمینه ساز فساد میشود.»
رئیس دولتهای هفتم و هشتم در جمهوری اسلامی همچنان «پایبندی به قانون اساسی» را راهحل مشکلات کنونی ایران میداند: «اما نه به این معنا که قانون اساسی وحی منزل است، حتی خود قانون هم اصلاح و تغییر آن را پیشبینی کرده است. اما این قانون، ظرف یکبار مصرفی نیست که آن را دور انداخت. بالاخره جامعه مبنای عمل مشترک میخواهد».
خاتمی پیشزمینه پایبندی به قانون اساسی و رفع تنش را «بازشدن فضای سیاسی و تبدیل فضای امنیتی به فضای باز سیاسی طبق اصول و در چارچوب قانون اساسی» دانست.
سردار یدالله جوانی، مشاور نمایندهی علی خامنهای در سپاه پاسداران انقلاب اسلامی
محمد خاتمی همچنین "وحدت" را یکی از راهکارهای لازم برای غلبه بر "مشکلات داخلی و تهدیدهای خارجی" جاری دانست.
برخی از جناحهای "اصولگرا" در جمهوری اسلامی چنین مواضعی را به تلاش خاتمی برای "بازگشت به قدرت" تعبیر میکنند. خاتمی همواره به این اتهام هدف حملهی منتقدان خود قرار میگیرد. این جناحها مستقیم و غیرمستقیم مخالفت خود با حضور "اصلاحطلبان" در ساختار سیاسی جمهوری اسلامی را بیان میکنند.
در یکی از آخرین موضعگیریها از این دست، یدالله جوانی، مشاور نمایندهی آیتالله خامنهای در سپاه پاسداران، خاتمی را "حلقهی برانداز نظام جمهوری اسلامی" توصیف و مخالفت تلویحی خود با حضور جناح او در انتخابات را بیان کرد.