همسر علیرضا زاکانی، معصومه پاکتچی است. پاکتچی پیش از ازدواج با زاکانی، همسر یک شهید بوده و یک فرزند نیز داشتهاست. پاکتچی دارای تحصیلات سطح ۳ حوزه علمیه میباشد که سالیان متمادی در مدیریت حوزههای علمیه استان تهران مشغول به فعالیت میباشد. وی از سال ۱۳۸۶ مسئولیت واحد خواهران بنیاد فرهنگی حضرت مهدی موعود را عهدهدار بوده و تندیس مهدییاوران را در همایش بینالمللی دکترین مهدویت در زمینه مدیریت در سال ۱۳۹۱ دریافت کردهاست.
رسانههای متعددی در باب تحصیل دختر علیرضا زاکانی و تولد نوه وی در سوئیس منتشر کردهاند. مریم زاکانی برای دریافت مدرک فوقلیسانس خود در رشته علوم انسانی دیجیتال به دانشگاه اکول پلیتکنیک فدرال لوزان رفت. او هنگامی که مشغول به تحصیل در ترم دوم فوقلیسانس بود، فرزندش را به دنیا آورد؛ به همین دلیل گفته میشود که نوه علیرضا زاکانی دو تابعیتی است. زاکانی در واکنش به این اخبار اطلاعیه ای را از ستاد خود منتشر کرد که دختر وی هیچگونه بورسیه تحصیلی از داخل و خارج ایران دریافت نکرده و هیچ تعهدی نسبت به دانشگاه و کشور محل تحصیل ندارد و فقط به جهت سابقه ممتاز تحصیلی در این دانشگاه به صورت رایگان مشغول به تحصیل شدهاست.