معلوم بود که اعتقاد او به برتری کلیسای کاتولیک باعث ایجاد اصطکاک خواهد شد. سخنرانی سپتامبر ۲۰۰۶ (شهریور ۱۳۸۵) در آلمان نخستین جرقه بود. در آن موقع او به دانشگاه رگنزبرگ دعوت شده بود (جایی که قبلا در آن استاد الهیات بود). او در سخنرانیاش نقل قولی از یکی از شاهان مسیحی قرن چهاردهم آورد که گفته بود اعتقاد حضرت محمد به جنگ مقدس شرورانه و غیرانسانیست. البته او به صراحت از این حرف دفاع نکرد، اما درباره دلایل غیرقابل قبول بودن گسترش دین بهکمک روشهای خشونتآمیز به تفصیل بحث کرد.
پاپ بندیکت در سال ۲۰۱۲ با فیدل کاسترو رئیس جمهور سابق کوبا در سفارت واتیکان در هاوانا ملاقات کرد.مسلمانان سراسر جهان از این گفتهها خشمگین شدند، چرا که این سخنان را حملهای تمام عیار به دینشان میدانستند. پاپ بندیکت شانزدهم در نتیجه این اعتراضات مجبور به عذرخواهی شد. اما او برخلاف خواسته بسیاری حاضر به پس گرفتن حرفهایش نشد، و در عوض تنها گفت که از اینکه بعضی گفتههایش برای برخی توهینآمیز بوده، متأسف است.
اما اظهار تأسف او هم برای بعضی مفسران قانعکننده نبود. عدهای از آنها معتقد بودند که از نظر پاپ، مادامی که مسیحیان در برخی کشورهای مسلمان از آزادی مذهبی برخوردار نباشند، گفتگوی میان ادیان دشوار خواهد بود.
سفر پاپ به آمریکای لاتین در سال ۲۰۰۷ هم جنجالهایی بههمراه داشت. در جریان این سفر، او در یک سخنرانی در برزیل گفت که بومیان ساکن این قاره "در سکوت امیدوارانه منتظر بودند" تا استعمارگران آیین مسیحیت را به آمریکای جنوبی بیاورند.
بسیاری از گروههای بومیان قاره آمریکا به این سخنان اعتراض کردند، و یکی از این سازمانهای آنها اعلام کرد که "در آن زمان نمایندگان کلیسای کاتولیک، بهجز چند استثنای شایسته احترام، با فریبکاری شریک یکی از وحشتناکترین نسلکشیهای تاریخ بشر بودند، و از عواید آن برخوردار شدند."
پاپ بعد از بازگشت به رم پذیرفت که فراموش کردن رنج و بیعدالتی که استعمارگران بر بومیان آمریکا روا داشتند، ممکن نیست. اما او تکرار کرد که "آیین کاتولیک در ۵۰۰ سال اخیر تأثیر مثبتی بر شکلگیری فرهنگ آمریکای جنوبی داشته است".
با توجه به حساسیتهای موجود در خاورمیانه، او در جریان سفرش به این منطقه در سال ۲۰۰۹ صراحت کلام کمتری بهخرج داد. او بعد از ورود به اسرائیل در سخنرانیاش از یهود ستیزی انتقاد کرد، و کمی بعد در موزه یادبود هولوکاست یاد وشم در بیتالمقدس خواستار آن شد که درد و رنجهای قربانیان هرگز "انکار، کوچک شمرده، و یا فراموش نشود".
اما او بعد از ملاقات با محمود عباس، رئیس تشکیلات خودگردان فلسطینی، خواهان آن شد که یک کشور مستقل فلسطینی در چارچوب "مرزهای مورد شناسایی بینالمللی" تشکیل شود.
پاپ در کنار ملکه الیزابت دوم و شاهزاده فیلیپسفر پاپ به بریتانیا در سپتامبر ۲۰۱۰، اولین بازدید یک پاپ در دوران مسوولیتش از این کشور بود. او در این سفر به منتقدان مذهب سازمانیافته حمله کرد.
او گفت: "امروزه بریتانیا تلاش میکند جامعهای مدرن و دارای تنوع فرهنگی باشد. امیدوارم این کشور در این مسیر دشوار همواره بهفکر حفظ احترام آن دسته ارزشهای سنتی و فرهنگی باشد که اشکال تهاجمیتر سکولاریسم دیگر ارزشی برایشان قائل نیستند، یا حتی تحملشان نمیکنند."
استعفا وضعیت سلامتی او حتی پیش از انتخابش چندان مساعد نبود، و الزامات ناشی از پاپ بودن و مسوولیتهای آن هم در بدتر شدن حال او موثر بود. بعدها معلوم شد در سال ۲۰۰۵ پزشکان یک باتری تنظیم ضربان در قلب او کار گذاشته بودند. او در ۱۱ فوریه ۲۰۱۳ به کاردینالها گفت که بهخاطر کهولت سن و وضعیت جسمی نامساعد از سمتش کناره خواهد گرفت.
او در سخنرانی استعفای خود گفت: "باید میپذیرفتم که دیگر توان اجرای تمام و کمال وظیفهای که بهمن سپرده شده بود را ندارم."
پاپ بازنشسته بندیکت و پاپ فرانسیس که جانشین او شد. پاپ بازنشسته به پوشیدن لباس سفید که مخصوص پاپ است ادامه داداین تصمیم بدون هیچ هشدار قبلی اعلام شد، و همانطور که از یک استاد الهیات انتظار میرفت، به زبان لاتین انجام شد. پاپ فرانسیس سپس در نشست کاردینالها به عنوان رهبر جدید کلیسای کاتولیک انتخاب شد.
بندیکت پس از استعفا در صومعه مریم واقع در باغ واتیکان مستقر شد. او ترجیح داد نام پاپی خود را حفظ کند - به جای بازگشت به یوزف راتسینگر - ترجیح داد به سادگی به عنوان "پدر بندیکت" شناخته شود.
او در آوریل ۲۰۱۹ جنجالی به پا کرد، زمانی که او آزار جنسی روحانیون را - رسوایی که به عنوان یک کاردینال سعی داشت با آن مقابله کند - به آزادی جنسی «همهجانبه» در دهه ۱۹۶۰ و در نتیجه رد تعالیم خدا نسبت داد.
سه سال بعد، گزارشی که به سفارش کلیسای کاتولیک تهیه شد، بندیکت متهم شد که در زمان فعالیت به عنوان اسقف اعظم مونیخ در دهه ۱۹۷۰ در جلوگیری از موارد کودک آزاری اقدام نکرده است. پاپ سابق این ادعاها را رد کرد.
پاپ بندیکت شانزدهم مردی مبادی آداب و با فرهنگ، و پیانیستی چیرهدست بود، و علاقه زیادی به موتزارت و برامس داشت. او به هشت زبان حرف میزد، از جمله آلمانی، انگلیسی، فرانسه، ایتالیایی، پرتغالی و اسپانیولی.
پاپ بندیکت شانزدهم مثل پیشکسوتش، ژان پل دوم، معتقد بود که برای فلسفههای اومانیستی قرن بیستم - نظیر مارکسیسم، ماتریالیسم و لیبرالیسم - جایگزینی کاملا مسیحی وجود دارد.
باور او به اینکه مسیحیت نهایتا پیروز خواهد شد، در این حرفش کاملا متجلیست: "مسیحیت باید دوباره مثل دانه خردل بهپا خیزد، در گروههایی بسیار کوچک که اعضایشان زندگیشان را وقف مبارزه با پلیدیهای جهان میکنند و در کنار آن بر خوبیها تأکید میکنند."