یک مقام مسئول در وزارت اطلاعات ایران به رسانهها گفته است که علیرغم ادعای یکی از فرماندهان اطلاعاتی سپاه پاسداران، در برخی از عملیاتهای اطلاعاتی از جمله دستگیری عبدالمالک ریگی و تبادل زندانیان با آمریکا، فقط وزارت اطلاعات مسئول و دخیل بوده و هیچ نهاد دیگر اطلاعاتی دخالت نداشته است.
اظهارات این مقام وزارت اطلاعات ایران - که نامش فاش نشده - واکنشی به ادعاهای اخیر سرتیپ حسین نجات (زیبایینژاد)، جانشین ریاست سازمان اطلاعات سپاه است که گفته بود خنثی کردن فعالیت گروهی برای عملیات در روز ۲۲ بهمن و بازداشت عبدالمالک ریگی، رهبر گروه جندالله، با رهبری سازمان اطلاعات سپاه انجام شده است.
آقای نجات این سخنان را چند روز پیش و در "نخستین یادواره ۳۹ شهید سازمان اطلاعات سپاه" در استان بوشهر، ایراد کرده بود. این مقام سپاه پاسداران ایران تاکید کرده بود که "با اشراف اطلاعاتی بالای سپاه برخی از منافقانی که از کشورهای همجوار برای انجام عملیات تروریستی قصد ورود به ایران میکنند، پیش از انجام عملیات خرابکارانه دستگیر می شوند."
این فرمانده سپاه در رابطه با دستگیری آقای ریگی نیز گفته بود: "برای نمونه در جریان دستگیری عبدالمالک ریگی نیروی اطلاعات سپاه در کنار وی نشسته بود و هنگام برخاستن هواپیما از امارات، سپاه را در جریان این پرواز و آغاز عملیات نشاندن هواپیمای حامل ریگی در ایران قرار داد."
حسین نجات (بیسیم به دست، نفر اول از سمت چپ) در زمان فرماندهی سپاه ولی امر که مسئولیت حفاظت از جان آیتالله خامنهای را بر عهده دارد. وی به تازگی جانشین رئیس سازمان اطلاعات سپاه شده است در واکنش به این سخنان، مقام مسئول اطلاعاتی به خبرگزاری ایرنا گفته است که "تیم تروریستی که به قصد اقدام ضدامنیتی در ۲۲ بهمن وارد کشور شده بود از آغاز تا پایان منحصرا توسط وزارت اطلاعات شناسایی و زیر ضربه رفته و عناصر آن توسط وزارت اطلاعات دستگیر شدند."
به گفته این مقام وزارت اطلاعات، حضور عبدالمالک ریگی در هواپیما منحصرا توسط منبع وزارت اطلاعات، اطلاعرسانی شده و هواپیمای حامل وی رهگیری و با همکاری نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی به فرود در بندر عباس مجبور و عبدالمالک ریگی دستگیر شد."
این مقام وزارت اطلاعات ایران افزوده است که "استرداد مبلغ یک میلیارد و ۷۱۰ میلیون دلار از آمریکا در جریان مذاکرات تبادل زندانیان انجام شد که مدیریت مذاکرات توسط شورای عالی امنیت ملی به وزارت اطلاعات محول و کلیه مراحل مذاکرات توسط نماینده وزارت با همراهی و همکاری بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران و دفتر خدمات حقوقی ریاست جمهوری انجام شد."
این مقام وزارت اطلاعات ایران افزوده است که "در هیچ یک از موارد سه گانه مذکور، نهادهای دیگری به غیر از آن چه گفته شد نقشی نداشتهاند" و تاکید کرده است که وزارت اطلاعات ایران "با هماهنگی و همکاری نیروهای نظامی و انتظامی بسیاری از اقدامات را به نتیجه رساندهاند که در هر مورد که از همکاری دیگر نهادها برخوردار بوده، در اطلاع رسانی به نقش و همکاری آنها تصریح و از همکاری آنان تقدیر شده است."
در ایران نهادهای مختلف اطلاعاتی فعال هستند از جمله وزارت اطلاعات که بخشی از بدنه دولت است و چند نهاد اطلاعاتی تحت کنترل سپاه پاسداران است: اطلاعات سپاه، حفاظت اطلاعات سپاه و حفاظت سپاه. برخی دیگر از نهادهای نظامی و انتظامی کشور نیز دستگاههای اطلاعاتی خود را دارند.
به گفته خبرنگاران، تعدد سازمانهای امنیتی - اطلاعاتی در ایران، معمولا عامل بروز ناهماهنگی و حتی اختلاف میان این سازمانها بوده است.