سردرگمی سیاست ایران در برابر مناقشه‌ی قره باغ
رسانه‌های جمهوری آذربایجان گزار‌ش‌هایی را مبنی بر "مواضع متضاد سفارتخانه‌های ایران در ایروان و باکو درباره مناقشه‌ی قره‌باغ" منتشر کردند. ایران اختلاف مواضع سفارتخانه‌های خود را رد کرده است.
سید محمد آیت‌اللهی، رئیس بخش رسانه‌ای سفارت ایران در باکو پیرامون خبرهای منتشر شده در رسانه‌های جمهوری آذربایجان، در ۱۳آذر ۱۳۹۱واکنش نشان داد. وی درباره‌ی مواضع مغایر و مخالف سفارتخانه‌های ایران در آذربایجان و ارمنستان پیرامون مناقشه‌ی قره باغ به خبرگزاری ترند آذربایجان گفت: «ایران موضع غیر قابل تغییر در مورد قره‌باغ دارد و مواضع سفرای ایران در باکو و ایروان بیانگر موضع رسمی ایران است.»
پیش از این سفارت جمهوری اسلامی ایران در ایروان با صدور بیانیه‌ای بر لزوم حل مناقشه‌ی قره باغ از طریق مذاکره، عدم به کار گیری زور و احترام به حق تعیین سرنوشت مردم تاکید کرده و نوشته بود:«با توجه به این که ایران تنها کشور دارای مرز با منطقه درگیری است، جمهوری اسلامی از هرگونه تحریک و ایجاد تنش در منطقه ابراز نگرانی می‌کند.»
سفیر ایران در باکو: قره باغ جزو خاک جمهوری آذربایجان است
محسن پاک‌آیین، سفیر جدید ایران در جمهوری آذربایجان نیز پیش از این در مصاحبه با رسانه‌های خبری آذربایجان تاکید کرده است: «تهران قره‌باغ را جزو خاک جمهوری آذربایجان می‌داند و مناسبات ایران و ارمنستان هرگز نمی‌تواند تاثیر منفی بر مناسبات ایران و آذربایجان بگذارد.»
شرایط نه جنگ و نه صلح بین دو کشور همسایه ارمنستان و جمهوری آذربایجان
پاک‌آیین خاطرنشان می‌کند که در رابطه با مناقشه‌ی قره باغ، ایران همواره از تمامیت ارضی آذربایجان حمایت می‌کند. سفیر ایران همچنین خبر داد که ایران انتظار دارد که الهام علی‌اف در پاسخ به دعوت احمدی‌نژاد به ایران سفر کند.
به رغم سخنان سفیر ایران در باکو، روزنامه‌های جمهوری آذربایجان و برخی مقام‌های بلندپایه این کشور از توسعه‌ی مناسبات ایران با ارمنستان به‌ویژه در عرصه‌ی تامین نیازهای گازی این کشور توسط ایران ناخرسند هستند و از حمایت ایران از ارمنستان انتقاد می‌کنند.
دکتر اشتفان مایستر، کارشناس امور انرژی شورای روابط خارجی آلمان در این رابطه به دویچه‌وله می‌گوید: «ایران بخشی از گاز و انرژی ارمنستان و منطقه کوهستانی قره باغ را تامین می‌کند. آمریکا و اتحادیه اروپا به دلیل کم بودن مقدارگاز صادراتی ایران به این کشور اعتراضی نکرده‌اند.»
اشتفان مایستر، کارشناس امور انرژی شورای روابط خارجی آلمان
در توسعه‌ی مناسبات ایران با ارمنستان همچنین گفتنی است، در اوایل ماه نوامبر ۲۰۱۲ارمنستان و ایران در مراسمی ساخت نیروگاه مشترک برق آبی را در مرز دو کشور آغاز کردند. مقام‌های ایرانی گفتند، این نیروگاه با صرف ۳۲۳میلیون دلار هزینه در پنج سال آینده راه اندازی خواهد شد. موسیسیان، وزیر انرژی ارمنستان درباره‌ی این پروژه گفته است که این نیروگاه نقش مهمی را در حفظ امنیت انرژی در ارمنستان دارد.
مناقشه بر سر قره‌باغ (قره‌باغ علیا یا ناگورنو قره‌باغ) بین دو کشور ارمنستان و آذربایجان در سال ۱۹۸۸آغاز شد. این تنش تاکنون بیش از ۳۰هزار قربانی برجای نهاده است. در سال ۱۹۹۴طرفین درگیر به قرارداد آتش بس دست‌یافتند.
سازمان امنیت و همکاری، گروه موسوم به مینسک را مامور تلاش برای حل این مناقشه کرده، اما این گروه که از سازمان ملل، آمریکا، روسیه و فرانسه تشکیل شده، تاکنون نتیجه ملموسی از میانجی‌گری‌ها نگرفته است. ایران نیز بارها پیشنهاد میانجی‌گری به دو کشور همسایه شمالی خود داده است.